Secvențiere Illumina genom bacterian >3MpB

Descriere

Serviciul include:

– extracție automată/manuală (opțional) și cuantificare ADN genomic;

– secvențiere ADN – Nextera XT, paired-end Illumina MiSeq (2 x 250 baze) / NovaSeq 6000 (2 x 150 baze);

– asamblare genom draft – acoperire minimă per bază după asamblare – 30x;

– analiză automată Ridom SeqSphere+, dacă este disponibilă și solicitată pentru specia identificată;

– furnizare fișiere date brute (2 fișiere .fastq – MiSeq sau 4 fișiere .fastq – NovaSeq 6000), fișier genom draft .fasta,  raport parametri calitate și rezultate analiză automată, după caz.

Calitate minimă probe pentru analiză:

– cultură pură pe mediu solid, de maxim 48 h, furnizată de beneficiarul analizei

sau

– ADN genomic extras și purificat de către beneficiar (kit comercial): concentrație minimă 10 ng/µl (cuantificat cu fluorometru Qubit), în apă ultrapură sau tampon cu EDTA ≤ 0,1 mM, volum minim 10 µl, transport în recipient izoterm cu elemente de răcire.

Timp de lucru: maxim 20 zile lucrătoare.