Identificarea speciei bacteriene prin PCR și secvențiere Sanger – gena ARNr 16S

Descriere

Serviciul include:

– extracție automată/manuală (opțional) și cuantificare ADN genomic;

– amplificarea PCR a întregii gene care codifică ARNr 16S (aprox. 1500 pb);

– secvențiere Sanger (5 reacții per probă), instrument SeqStudio Genetic Analyzer, Applied Biosystems;

– verificare și editare secvențe;

– interogare baze de date internaționale pentru identificare gen și specie.

Calitate minimă probe pentru analiză:

– cultură pură pe mediu solid, de maxim 48 h, furnizată de beneficiarul analizei

sau

– țesuturi sau lichide biologice/patologice colectate din nișe fiziologic sterile; minim 200 mg țesut, respectiv 600 µl lichid, transport în recipient izoterm cu elemente de răcire sau în mediu de transport adecvat tipului de probă

sau

– ADN genomic extras și purificat de către beneficiar (kit comercial): în apă ultrapură sau tampon cu EDTA ≤ 0,1 mM, volum minim 10 µl, transport în recipient izoterm cu elemente de răcire.

Important:

• Identificarea genului/speciei poate fi realizată doar în cazul în care ADN secvențiat provine de la o singură specie.
• În unele cazuri, această analiză nu poate face diferențierea între speciile strâns înrudite, identificarea limitându-se la gen (ex. Escherichia coli și Shigella, speciile complexului Mycobacterium tuberculosis, Bacillus cereus și Bacillus anthracis etc.).

Timp de lucru: maxim 7 zile lucrătoare.