Secvențiere virus SARS-CoV-2, Illumina MiSeq

Descriere

Informații generale

SARS-CoV-2 face parte din categoria virusurilor ARN, care au o tendință de a acumula erori pe măsură ce se replică. Pentru controlul pandemiei sunt utilizate sisteme avansate de supraveghere a circulației virusului și de identificare în timp real a modificărilor acestuia, prin secvențierea genomică a tulpinilor circulante. Secvențierea Illumina se bazează pe o tehnică cunoscută sub numele de „amplificare de punte”, în care moleculele ADN cu adaptoare corespunzătoare sunt utilizate ca substraturi pentru reacții de sinteză și amplificare. În timpul acestor reacții, nucleotide modificate, corespunzătoare celor patru baze, fiecare cu o etichetă fluorescentă diferită, sunt încorporate și apoi detectate.

 

Pregătire pacient

Produse biologice provenite de la pacienți cu simptomatologie compatibilă cu definiția de caz COVID-19 din metodologia națională de supraveghere, recoltate în sistemul sanitar (spitale, ambulatoriu, clinici private medici de familie etc): tampon nazofaringian și faringian, spălătură nazofaringiană și orofaringiană, aspirat endotraheal sau lavaj bronhoalvelolar, fragment necroptic sau acidul nucleic izolat din probele biologice păstrat la – 70 °C.

Probele sunt inițial confirmate pentru prezența virusului SARS-CoV-2 (real-time RT-PCR, Ct <30) Transportul probei la laborator se face la +2°C până la +8°C în max. 48h de la prelevare sau zăpada carbonică pentru cele depozitate la – 70 °C.

 

Semnificație clinică

Secvențierea permite determinarea secvenței de ADN. În cazul SARS-CoV-2, transcriptaza inversă facilitează sinteza ADN–ului din genomul ARN viral. Acest ADN nou format este cunoscut sub numele de ADN complementar (ADNc). Secvențierea se efectuează în vederea detectării noilor variante ale SARS-CoV-2 care determină îngrijorare (VOC).

Laboratoarele care efectuează RT-PCR sau screening de variantă selectează în mod sistematic probe care corespund calitativ cerințelor impuse de tehnica secvențierii, având în vedere pentru selecție apariția focarelor noi, cazuri de import. Testul permite analiza genomului specific acestui virus izolat din proba biologică a pacientului, prelevată în primele zile de la debutul simptomelor clinice.

 

Interval biologic de referință / rezultat

Există în prezent mai multe variante virale care sunt în atenția autorităților naționale și internaționale, cu transmisibilitate crescută și care determină interferențe cu răspunsul imun obținut în urma vaccinării. Analiza genomului SARS-CoV-2 permite supravegherea virusului și identificarea în timp real a modificărilor acestora și a noilor variante (fenomen normal în evoluția virusului), dezvoltarea metodelor de detectare sau de producere a vaccinurilor.

 

Raportarea rezultatului: 2 săptămâni

 

Interval de recoltare
Luni-Vineri: 07:30-11:00