Secvențiere virus gripal, Illumina MiSeq

Descriere

Informații generale

Analiza de laborator în cazul infecțiilor respiratorii cauzate de virusurile gripale cuprinde pe lângă detectarea (evidențierea) unor fragmente ale ARN-ului viral specific pentru agentul patogen în probe biologice umane prin tehnici de amplificare a acizilor nucleici (metoda real-time Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction –real-time RT-PCR) și secvențierea prin metode NGS (next generation sequencing), cu rol în determinarea secvenței tulpinilor circulante de virus gripal.

 

Pregătire pacient

Produse biologice provenite de la pacienți cu simptomatologie compatibilă cu definiția de caz a gripei din metodologia națională de supraveghere, recoltate în sistemul sanitar (spitale, ambulatoriu, clinici private medici de familie etc): tampon nazofaringian și faringian, spălătură nazofaringiană și orofaringiană, aspirat endotraheal sau lavaj bronhoalvelolar, fragment necroptic sau acidul nucleic izolat din probele biologice păstrat la – 70°C.

Probele sunt inițial confirmate pentru prezența virusului gripal (real-time RT-PCR, Ct <30) Transportul probei la laborator se face la +2°C până la +8°C în max. 48h de la prelevare sau zăpada carbonică pentru cele depozitate la – 70°C.

 

Semnificație clinică

Se trimit pentru obținerea secvenței virusului gripal:

– toate probele biologice pozitive pentru etiologia gripală la detecţie virală (RT-PCR) – la începutul perioadei de supraveghere;

– ~ 10 % probe pozitive pentru etiologia gripală la detecţie virală (RT-PCR) – după debutul sezonului gripal (după declararea circulaţiei active cu transmitere comunitară a virusului/virusurilor gripale);

– toate probele pozitive pentru etiologia gripală la detecție virală (RT-PCR) – la sfârşitul perioadei de supraveghere.

 

Interval biologic de referință / rezultat

Identificarea variantelor genomice, a mutațiilor care pot determina rezistența la antivirale și analiza filogenetică a tulpinilor virusurilor gripale permit analiza genetică a tulpinilor circulante, monitorizarea patogenicității, precum și a potențialului de adaptare a virusului gripal la organismele umane.

 

Raportarea rezultatului: 2 săptămâni

 

Interval de recoltare
Luni-Vineri: 07:30-11:00