Secvențiere Illumina genom Salmonella enterica (20 genomuri)

Descriere

Serviciul include:

– extracție automată/manuală (opțional) și cuantificare ADN genomic;

– secvențiere ADN – Nextera XT, paired-end Illumina MiSeq (2 x 250 baze) / NovaSeq 6000 (2 x 150 baze);

– asamblare genom draft – acoperire minimă per bază după asamblare – 30x (aprox. 150 Mbaze);

– furnizare fișiere date brute (2 fișiere .fastq – MiSeq sau 4 fișiere .fastq – NovaSeq 6000), raport parametri calitate și rezultate analiză bioinformatică:

• identificare formulă antigenică/serovar, tip MLST, tip cgMLST;
• identificare repliconi plasmidiali;
• identificare markeri pentru rezistență la antibiotice și dezinfectanți;
• identificare grad de înrudire genomică între izolatele secvențiate.

Calitate minimă probe pentru analiză:

– cultură pură pe mediu solid, de maxim 48 h, furnizată de beneficiarul analizei

sau

– ADN genomic extras și purificat de către beneficiar (kit comercial): concentrație minimă 10 ng/µl (cuantificat cu fluorometru Qubit), în apă ultrapură sau tampon cu EDTA ≤ 0,1 mM, volum minim 10 µl, transport în recipient izoterm cu elemente de răcire.

Timp de lucru: maxim 10 zile lucrătoare.