Secvențiere genom SARS-CoV-2, Nanopore

Descriere

Informații generale

Testul secvențiază întregul genom al virusului SARS-CoV-2 folosind tehnologia Nanopore NGS. Aceasta metodă oferă:

• identificarea tulpinilor circulante și a variantelor emergente (VOC/VOI);
• monitorizarea evoluției virusului și a mutațiilor asociate cu transmisibilitate sau evaziune imunologică;
• suport pentru supraveghere epidemiologică și politici de sănătate publică.

Pregătire pacient

• Probe: exsudat nazofaringian sau faringian, recoltate în faza acută a infecției (ideal primele 5 zile de la debutul simptomelor).
• Nu necesită pregătire specială a pacientului.
• Probele trebuie manipulate conform protocolului pentru a menține integritatea ARN-ului viral.

Semnificație clinică

• Permite identificarea tulpinilor și mutațiilor relevante pentru:
  • supravegherea evoluției virusului;
  • urmărirea apariției variantelor cu potențial impact clinic și epidemiologic;
  • compararea cu secvențele din bazele de date internaționale.
• Nu furnizează informații despre severitatea bolii, imunitatea pacientului sau tratamentul individual.

Interval biologic de referință / rezultat

• Calitativ: secvență completă a genomului viral.
• Raportul include caracteristicile tulpinii, mutațiile identificate și relevanța epidemiologică.

Interval de recoltare

• Luni–Vineri: 07:30–11:00;
• În faza acută a infecției, primele zile de la debutul simptomelor respiratorii.

Limitări / precauții

• Sensibilitatea depinde de încărcătura virală și de calitatea probei.
• Nu este recomandat pentru diagnostic clinic individual sau pentru evaluarea severității bolii.
• Probe cu încărcătură virală scăzută pot conduce la secvențe incomplete sau ambiguue.

Raportarea rezultatului:

• 1-3 săptămâni