Determinarea profilului de macrorestricție Xba1 pentru Shigella prin PFGE (7-12 tulpini)

Descriere

Informații generale

Această metodă de biologie moleculară se adresează analizei genomului bacterian și generează un profil/tip genetic utilizat pentru discriminarea tulpinii investigate de alți membri ai speciei. Secvențele de ADN folosite pentru genotipizare sunt reprezentate după cum urmează:

• regiuni genomice repetitive în tandem pentru metoda MLVA (multilocus variable number tandem repeat analysis);
• regiuni de ADN obținute prin macrorestricție enzimatică pentru metoda PFGE (pulsed-field gel electrophoresis).

 

Pregătire pacient

Probe: culturi bacteriene pure (tulpini) identificate în prealabil la nivel de specie și/sau serotip. Se analizează și compară numai tulpinile care aparțin aceleiași specii / serotip.

 

Semnificație clinică

Se efectuează pentru a caracteriza bacteriile din genul Shigella la nivel genomic. Discriminarea cazurilor asociate unui focar de cele sporadice, pe baza gradului de înrudire genetică a izolatelor bacteriene, provenite de la pacienți și contacții lor, servește anchetei epidemiologice și stă la baza detectării, confirmării și evaluării, ca extindere geografică și temporală, a unui eveniment epidemiologic.

 

Interval biologic de referință / rezultat

În cazul MLVA, rezultatul se exprimă sub forma unui cod numeric format din 5 numere (profil MLVA). Fiecare număr reprezintă o alelă a unei regiuni genomice, care conține acelasi tip, dar nu și același număr de unități repetitive. Se consideră că tulpinile cu profiluri MLVA identice pot aparține aceleiași clone. În cazul PFGE, rezultatul se exprimă ca profil PFGE sau pulsotip (notat arbitrar pentru fiecare set de tulpini analizate în cadrul unui test). Pulsotipul este definit printr-un profil de benzi reprezentând fragmente de ADN de mărimi diferite, rezultate din digestia enzimatică a genomului bacterian. Se consideră că tulpinile care au profiluri PFGE cu 100% similaritate (același număr și aceeași mărime a fragmentelor de ADN vizualizate post-electroforeză) aparțin aceleiași clone.

 

Interval de recoltare
Luni-Vineri: 07:30-11:00